
Se traslada al Río de la Plata en calidad de comisario de límites para hacer efectivo el tratado del Pardo de 1778 que fija la frontera hispano-lusitana en tierras de América del Sur. Allí, esperando en vano la llegada de la parte portuguesa que habría de colaborar con él, pasa doce años preparando cuanto habría de precisar para su cometido.
Ello le lleva a un estudio naturalista exhaustivo del Paraguay bajo los puntos de vista socioeconómico, geográfico, zoológico y ornitológico. En 1801 recibe autorización para volver a España. Acude a París, donde su hermano José Nicolás era embajador ante Napoleón Bonaparte, y aquél, que conocía su obra y la trascendencia de ella, lo presenta en el Museo de Historia Natural, donde le recibieron con auténtica admiración.
Sus últimos años, tras renunciar al virreinato de México, los pasa en su pueblo natal, trasladándose a Huesca después de la guerra de la Independencia, dedicándose a estudios más específicos altoaragoneses. En 1805 fue retratado por Goya.
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