Con la dominación musulmana se desarrollan especialmente las obras hidráulicas. Algunas de las que tenemos en la actualidad se remontan a época romana como la presa de Muel sobre el Huerva o la de Almonacid de la Cuba sobre el Aguasvivas, pero los musulmanes las reacondicionaron, las revitalizaron y, por supuesto, abrieron otras nuevas. Éstos fueron quienes dieron el impulso definitivo a los regadíos aragoneses. De hecho, prácticamente todas las palabras que se utilizan en torno a ellos son de origen árabe: acequias, adores, adulas, albercas, aljibes, azudes...
 

En la comarca de Zaragoza, la acequia de Urdán existía en el siglo XII, casi seguramente de origen musulmán, la de Pina se cita en 1178 y la de Camarera en 1263. También son de origen musulmán algunas acequias en Ricla, en Alagón o en el Bajo Martín. En Tauste, el azud de Escorón data de 1248. En la Hoya de Huesca, la alberca de Loreto es del siglo XIII o el azud de Nueno de 1445. También tienen su origen en época medieval los acueductos que aún se pueden contemplar en Camarillas y Calanda.
 

El tráfico por el río se ve condicionado por las variaciones climáticas que alteran el caudal del río, pudiendo comprobarse que se intensifica durante los meses de mayo, junio y julio, decayendo en el período de estiaje veraniego y en los primeros meses de cada año.

El transporte se realiza en embarcaciones especiales, de poco calado y fondo plano, que en el descenso se dejan arrastrar por la corriente, para ser remolcadas con sirgas desde la orilla en el trayecto ascendente. Los pilotos de estas embarcaciones reciben en Aragón el nombre de arraeces, derivado del árabe, pues precisamente los monopolizadores del oficio son mudéjares afincados en las distintas poblaciones ribereñas.

El transporte de mercancías por el Ebro terminará pasada esta época con la construcción de distintos azudes en el Ebro que impedían el paso de estas embarcaciones.